2000年3月成立北京医科大学生育健康研究所（前身是北京医科大学公共卫生学院保健流行病学研究室），2000年4月北京医科大学与北京大学合并后更名为北京大学生育健康研究所，2012年北京大学生育健康研究所回归北京大学公共卫生学院。
研究所的宗旨是通过围产流行病学人群研究、妇幼健康大数据研究、环境与分子相关应用基础研究，阐明重大生育健康问题的发生发展规律，服务国家妇幼健康决策，促进妇女儿童健康。主要研究方向包括：出生缺陷病因及防控措施研究，早产、低出生体重、围产儿死亡等不良妊娠结局的病因和防控措施研究，剖宫产及其对母婴健康影响研究，环境暴露与生育健康，妇幼健康大数据分析利用以及出生队列平台建设等。
依托研究所成立的国家卫健委生育健康重点实验室，建有较大规模的生物标本库，具有环境有机污染物、无机污染物和营养素等检测平台，并具一定的国际影响力。此外，研究所是流行病与卫生统计学国家重点学科的组成部分，编辑出版《中国生育健康杂志》。现任所长为刘建蒙研究员（兼重点实验室主任），副所长李智文研究员和王琳琳研究员。
师资队伍
现有教职工20人，其中教授/研究员5人，副研究员3人。在读博士研究生13名，硕士研究生22名，在站博士后2人。
教授/研究员：
刘建蒙: 所长/重点实验室主任
研究方向：围产流行病学（环境暴露、营养及产科因素与母婴健康），妇幼健康大数据分析利用
任爱国
研究方向：营养、环境、基因变异、表观遗传与出生缺陷
叶荣伟
研究方向：生育健康流行病学，出生缺陷预防与控制
李智文: 副所长
研究方向：生育健康流行病学，环境污染与妇女和儿童健康
王琳琳: 副所长
研究方向：分子流行病学，营养流行病学
副教授/副研究员：
靳蕾
研究方向：生育健康流行病学，出生缺陷预防和控制
李宏田
研究方向：围产流行病学，妇幼健康大数据分析利用
王斌
研究方向：环境污染物暴露评价，环境污染与生殖健康
讲师/助理研究员：
张乐
研究方向：营养与出生缺陷
张亚黎
研究方向：生殖流行病学
刘菊芬
研究方向：人口健康，残疾，生殖和围产期保健流行病学
周玉博
研究方向：围产流行病学（围产因素与母婴健康），妇幼健康大数据分析利用
李楠
研究方向：生育健康流行病学，医学和生物学大数据的整合和挖掘
教学
研究生课程：
> 《流行病学现场实验（随机对照临床试验）》
> 《医学大数据的信息化管理及挖掘利用》
> 《生殖与围产流行病学》
本科生课程：
> 《流行病学
>《社会流行病学及其应用》
> 《典型环境污染事件解读》
> 《环境与儿童健康》
> 《文献评价与科研写作》
> 《残疾流行病学》
> 《精准营养学》
科研
主要在研项目：
> 高龄孕产妇临床队列研究，国家重点研发计划
> 环境因素导致重要器官发育异常的关键环节，国家重点研发计划
> 剖宫产时捋挤脐血与婴幼儿铁缺乏相关健康结局的随机对照研究，国家自然科学基金
> 孕妇要求剖宫产与儿童代谢综合征的队列研究，国家自然科学基金
> 多环芳烃致胎儿神经管缺陷作用及氧化应激机制研究，国家自然科学基金
> 孕早期被动吸烟致胎儿神经管缺陷发生的风险及机制研究，国家自然科学基金> PCP通路相关基因罕见变异及异常甲基化与胎儿无脑畸形的关联研究，国家自然科学基金
> 育龄妇女的细颗粒物暴露水平及其机体氧化损伤的城乡差异，国家自然科学基金
> 多环芳烃诱发自发性早产的效应与机制以及叶酸的保护作用，国家自然科学基金
> 神经管缺陷的重要环境和遗传因素，国家自然科学基金
> 阴道菌群接种对剖宫产婴儿体质指数及过敏风险指数影响的随机对照研究，国家自然科学基金
> 生育政策调整对出生人口与母婴健康影响研究，国家卫生计生委资助课题
社会服务
研究所部分老师承担全国妇幼卫生年报工作，兼任中国妇幼保健协会精准医学与出生缺陷防控主任委员及副主任委员、中国优生科学协会环境与社会优生分会副主任委员及秘书长、中国妇幼保健协会围产营养与代谢性疾病管理分会常委、中国妇幼保健协会高危妊娠管理专业委员会常委。
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